Deze uitspraak kan wel grote gevolgen hebben. Onder 36.3 van de uitspraak staat namelijk: "De vraag of de bevoegde bestuursorganen met de juiste maatregelen en tijdig invulling geven aan de verplichting om instandhoudings- en passende maatregelen te treffen in relatie tot de totale depositiebijdrage in een Natura 2000-gebied is bij een besluit waarbij op grond van artikel 2.8, eerste lid, van de Wnb toestemming wordt verleend voor een plan of project niet aan de orde". Hieruit kan worden worden afgeleid dat een individuele project of plan niet automatisch verguningplichtig is als dit plan of project stikstofdepositie veroorzaakt op een overbelast Natura 2000 gebied. En dat een plan of project alleen vergunningplichtig is als het een stikstofdepositie veroorzaakt die significante effecten kan hebben (art. 6, lid 3 van de Habitatrichtlijn). Volgens Duitse wetenschappers kan een stikstofdepositie van minder dan 0,5 kg (35,7 mol) per hectare per jaar geen significante effecten hebben. Volgens TNO is een met AERIUS berekende depositie niet van nul te onderscheiden als deze ergens tussen de 1 en 10 mol per hectare per jaar ligt. Deze uitspraak kan dus tot gevolg hebben dat een veel hogere drempelwaarde moet worden toegepast voor individuele plannen en projecten.