Een Natuurvergunning van een bedrijf mag alleen worden ingetrokken als de overheid onomstotelijk heeft aangetoond dat de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000 gebied worden aangetast door dit bedrijf. Dit kan de overheid alleen aantonen als het bedrijf het overgrote deel van de (te) hoge stikstofdepositie op een Natura 2000 gebied veroorzaakt, dat de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000 gebied worden aangetast door deze stikstofdepositie en dat er geen andere beheersmaatregelen mogelijk zijn. Een bedrijf zal bijna nooit het grootste deel van de totale stikstofdepositie (> 2000 mol/ha/jaar) veroorzaken. Dat de natuurlijke kenmerken van een Natura 2000 gebied worden aangetast door stikstofdepositie is niet onomstotelijk aantoonbaar omdat deze natuurlijke kenmerken worden aangetast door vele andere factoren. En er zijn bijna altijd andere beheersmaatregelen (strooien met kalk, verhogen grondwaterspiegel, begrazen, etc) mogelijk. De overheid kan en mag dus geen Natuurvergunningen van een bedrijf intrekken. Laat staan dat dit verplicht is op grond van de Habitatrichtlijn: in de Habitatrichtlijn komt het woord 'stikstof' niet voor.