Een natuurvergunning wordt verleend voor een activiteit, bijvoorbeeld het houden van vleesvarkens in een stal met een luchtwasser. Vergund wordt daarmee de activiteit zelf, niet een bepaalde stikstofemissie of stikstofdepositie. Dat betekent dat een natuurvergunning in beginsel geldig blijft, ook wanneer achteraf blijkt dat de feitelijke stikstofemissie hoger is dan eerder werd aangenomen.
Voor de berekening van stikstofemissies wordt gebruikgemaakt van ammoniakemissiefactoren die zijn vastgelegd in de Omgevingsregeling. Deze emissiefactoren zijn gekoppeld aan diersoorten en stalsystemen en worden niet per individueel bedrijf vastgesteld. Zij zijn gebaseerd op onderzoek naar de emissiereductie die een bepaald stalsysteem tijdens het onderzoek heeft gerealiseerd.
De Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State heeft de afgelopen jaren echter geoordeeld dat er voor een aantal stalsystemen sterke aanwijzingen bestaan dat de werkelijke emissiereductie onzeker is. Daardoor kan niet met voldoende zekerheid worden vastgesteld wat de stikstofemissie van een veehouderij met dergelijke stalsystemen daadwerkelijk is.
Juist die zekerheid van groot belang. Significante gevolgen voor Natura 2000-gebieden moeten namelijk met zekerheid kunnen worden uitgesloten. Als onzeker is hoeveel emissie een stalsysteem reduceert, kunnen significante effecten niet met zekerheid worden uitgesloten. Om die reden vernietigt de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State regelmatig natuurvergunningen die zijn gebaseerd op dergelijke emissiefactoren.
Een mogelijke oplossing voor deze problematiek is het opnemen van doelvoorschriften in natuurvergunningen. Daarbij wordt een maximaal toegestane stikstofemissie per jaar vastgelegd. De vergunninghouder en het bevoegd gezag moeten vervolgens monitoren of aan dit emissieplafond wordt voldaan. Bij een dreigende overschrijding moet tijdig worden bijgestuurd, bijvoorbeeld door de werking van het stalsysteem te optimaliseren of door minder dieren te houden.
In 2024 heeft de provincie Gelderland voor het eerst een natuurvergunning verleend waarin dergelijke doelvoorschriften zijn opgenomen. Inmiddels lopen verschillende procedures waarin de vraag centraal staat of doelvoorschriften voldoende zekerheid bieden om significante effecten op Natura 2000-gebieden uit te sluiten en daarmee te waarborgen dat de stikstofemissie en stikstofdepositie niet toenemen.
De Rechtbank Oost-Brabant heeft in dat kader in een aantal zaken de Stichting Advisering Bestuursrechtspraak (StAB) om advies gevraagd. Daarbij staat onder meer de vraag centraal welke meet- en monitoringssystemen momenteel beschikbaar zijn, of binnen afzienbare termijn beschikbaar komen, om naleving van een emissieplafond effectief te controleren (Rb. Oost-Brabant 4 april 2026, ECLI:NL:RBOBR:2026:2724 en ECLI:NL:RBOBR:2026:2762).
