De Natuurbeschermingswet 1998 regelt de bescherming van natuurgebieden die zijn aangewezen als Natura 2000-gebied of beschermd natuurmonument. De wet heeft als hoofdregel een verbod op alle activiteiten die de kwaliteit van de natuurlijke habitats (leefgebieden) en de habitats van planten- en diersoorten in een Natura 2000-gebied of beschermd natuurmonument kunnen verslechteren. Dit gaat eveneens op voor activiteiten die een significant (belangrijk) verstorend effect kunnen hebben op de soorten waarvoor het gebied als Natura 2000-gebied of beschermd natuurmonument is aangewezen. Op de website van Alterra is een kaart te vinden met de ligging van Natura 2000-gebieden en beschermde natuurmonumenten.
Handelingen in een beschermd natuurgebied zijn vergunningplichtig op grond van artikel 16 van de Natuurbeschermingswet 1998. Voor handelingen met gevolgen voor habitats en soorten geldt dat eveneens op grond van artikel 19d van de Natuurbeschermingswet 1998. Op het moment dat een bodemsanering plaatsvindt in of nabij een Natura 2000-gebied dan is mogelijk vergunningplicht aan de orde. De vergunning krachtens de Natuurbeschermingswet 1998 is “aangehaakt” bij de omgevingsvergunning op grond van de Wabo (artikel 2.19, Wabo en artikelen 46-46d en 47-47d, Nbw98).