De uitvoering, toepassing en handhaving van het Unierecht vindt plaats in de context van het nationale recht. De relatie tussen het Unierecht en het nationale recht wordt beheerst door drie leidende beginselen:
het subsidiariteitsbeginsel (art. 5 VEU). Dit is vooral een politiek beginsel dat inhoudt dat de Unie, op gebieden die niet onder haar exclusieve bevoegdheden vallen, slechts optreedt indien en voor zover de doelstellingen van het overwogen optreden niet voldoende door de lidstaten kunnen worden verwezenlijkt en, vanwege de omvang of de gevolgen van het overwogen optreden, beter door de Unie kunnen worden verwezenlijkt;
het beginsel van voorrang van het Unierecht. Uit het autonome karakter van het Unierecht vloeit voort dat dit rechtstreeks kan werken en voorrang heeft boven daarmee strijdig recht van de lidstaten. Van directe werking is blijkens de jurisprudentie van het Hof van Justitie sprake wanneer bepalingen uit het Unierecht onvoorwaardelijk en voldoende nauwkeurig zijn geformuleerd;
het beginsel van loyale samenwerking, ook bekend als het beginsel van gemeenschapstrouw (art. 4 lid 3 VEU). Dit geldt niet alleen voor (de organen van) de centrale overheid, maar ook voor (bestuursorganen van) provincies, gemeenten en waterschappen.
Het beginsel van gemeenschapstrouw impliceert voor lidstaten twee positieve verplichtingen en een negatieve verplichting.
In de eerste plaats moeten de lidstaten alle algemene of bijzondere maatregelen treffen die geschikt zijn om de nakoming van de uit het Unierecht voortvloeiende verplichtingen te verzekeren. Dit betekent onder andere dat de nationale autoriteiten de volle werking (het ‘nuttig effect’) van Unierecht moeten waarborgen, hetgeen bijvoorbeeld kan betekenen dat nationale beroepstermijnen buiten toepassing moeten worden gelaten. Dit betekent ook dat, waar mogelijk, nationale rechtsregels moeten worden geïnterpreteerd in het licht van het Unierecht (‘conforme uitleg’). Dit betekent verder dat lidstaten aan niet-naleving van nationale voorschriften die strekken ter uitvoering (implementatie) van Unierecht, een effectieve sanctie moeten verbinden.
In de tweede plaats moeten de lidstaten de Europese Unie ondersteunen bij de vervulling van haar taak.
In de derde plaats moeten de lidstaten zich onthouden van alle maatregelen die de verwezenlijking van de doelstellingen van de Europese verdragen in gevaar kunnen brengen. Zo brengt de gemeenschapstrouw onder andere mee dat nationale autoriteiten reeds vóórdat de termijn voor implementatie van een richtlijn is verstreken, geen maatregelen behoren te treffen die het nuttig effect van die richtlijn kunnen frustreren en nationaal recht dat daarvoor de ruimte biedt, moeten interpreteren in het licht van het doel van die richtlijn (zie hierna).
De context voor de toepassing van Unierecht wordt in beginsel geboden door het nationale (procedure)recht: het Unierecht moet worden toegepast door de nationale organen, het wordt geldend gemaakt in het kader van procedures voor de nationale rechter en overtredingen worden door het OM of een ander nationaal handhavingsorgaan aangepakt.
