In artikel 13.20 van de Aanvullingswet zijn de nieuwe voorwaarden voor de eindafrekening opgenomen. Volgens het eerste lid van dit artikel kan de eindafrekening er niet toe leiden dat er een aanvullende geldsom is verschuldigd, maar als de afrekening ertoe leidt dat het bevoegd gezag gehouden is een deel van de betaalde geldsom (inclusief rente) terug te betalen, dan doet het dit binnen vier weken na vaststelling van de afrekening (lid 2). Daarbij geldt wel een drempel van vijf procent. De Omgevingswet biedt nu in het vierde lid van artikel 13.20 initiatiefnemers de mogelijkheid om vanaf vijf jaar na betaling van hun bijdrage te verzoeken om een tussentijdse afrekening voor hun bijdrage. Die eindafrekening op verzoek is in artikel 8.19 van het ontwerp Aanvullingsbesluit geregeld. Een eindafrekening op verzoek als bedoeld in artikel 13.20, vierde lid, van de wet vindt plaats op basis van de op het moment van de aanvraag om de eindafrekening:
gemaakte kosten; en
geraamde nog niet-gemaakte kosten.
Bij de behandeling in de Tweede Kamer heeft Van Eijs (D66) een amendement ingediend over geen terugbetaling bij kostenverhaal zonder tijdvak. Het amendement is aangenomen. Het voorgestelde amendement verzekert dat er bij kostenverhaal zonder tijdvak geen terugbetaling plaats hoeft te vinden als bij eindafrekening blijkt dat een betaalde verschuldigde geldsom is besteed aan andere kostenposten dan die waarvan bij het vaststellen van die geldsom oorspronkelijk is uitgegaan. Als voorwaarde is in artikel 13.20, derde lid, wel opgenomen dat het gaat om kosten die op grond van afdeling 13.6 verplicht moeten worden verhaald en dat een kostenplafond niet wordt overschredenHet moet gaan om de kosten die vanwege de in artikel 13.11, eerste lid, bedoelde kosten-soorten zijn gemaakt; en het maximum, bedoeld in artikel 13.15, eerste lid, onder a, mag niet worden overschreden.. Het amendement gaat alleen over terugbetaling en geeft geen aanspraak voor het opeisen van een aanvullende geldsom. Met dit amendement wordt verduidelijkt dat het bij organische gebiedsontwikkelingen aan de voorkant nog niet helemaal helder is hoe het gebied zich zal ontwikkelen. Dat geldt ook voor de publieke voorzieningen waarvoor het kostenverhaal wordt aangewend. Bij organische gebiedsontwikkeling zijn kosten en opbrengsten immers in het begin veelal globaal van karakter. In de loop van de tijd worden deze steeds duidelijker. Daarmee worden de kostenonderbouwingen in de beschikkingen in de loop der tijd ook steeds minder globaal en meer specifiek. Als gevolg hiervan is flexibiliteit in de vorm van uitwisseling van kostensoorten noodzakelijk. Met dit amendement wordt onderstreept dat als de plannen van een gebied tussendoor veranderen, ook de besteding van het door een initiatiefnemer betaalde bedrag vanuit kostenverhaal kan wijzigen Kamerstukken II 2018/19, 35 133, nr. 35 (amendement Van Eijs). In het amendement wordt als voorbeeld aangevoerd, dat als bij de start van de ontwikkeling voorzien is in een trambaan, maar de gelden worden uiteindelijk aangewend voor een busbaan of een fietsverbinding, dan kan de ontvangen bijdrage daaraan worden besteed.. De leden van de D66-fractie in de Eerste Kamer waren er echter nog niet helemaal gerust op dat er daadwerkelijk geen terugbetaling plaats hoeft te vinden wanneer bij de eindafrekening blijkt dat een betaalde verschuldigde geldsom is besteed aan andere kostenposten dan die waarvan bij het vaststellen van die geldsom oorspronkelijk is uitgegaan. De regering heeft dat bij de behandeling van het Aanvullingsbesluit echter nogmaals bevestigd Kamerstukken II 2019/20, 35 133 nr. 37 (Vragen en antwoorden Aanvullingsbesluit grondeigendom Omgevingswet).. Als voorwaarde geldt wel dat de uiteindelijk gemaakte kosten voldoen aan de PPT-criteria en onder de aangewezen kostensoorten vallen.
Het exploitatiegebied als ruimtelijke begrenzing voor de toepassing van kostenverhaal zou volgens de consultatieversie van de Aanvullingswet komen te vervallen. Dat paste volgens het kabinet ook beter in de systematiek van het omgevingsplan. Daarvoor in de plaats zou dan de verplichting komen om een geometrische begrenzing van de regels voor kostenverhaal in het omgevingsplan op te nemen, in lijn met het uitgangspunt dat regels in een omgevingsplan een geometrische begrenzing moeten hebben. In de Aanvullingswet is gekozen voor de term ‘kostenverhaalsgebied’, dat weer meer in de richting komt van het huidige exploitatiegebied onder de Wro.