Met de Aanvullingswet natuur Omgevingswet is in de Omgevingswet voorzien in een ‘omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit’ en een ‘omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit’. Voor de omgevingsvergunningen is vaak ook de gemeente bevoegd gezag, omdat er bij de omgevingsvergunningen voor natuur vaak een samenloop met een niet-natuurvergunning is, zoals de omgevingsvergunning voor een bouwactiviteit. Maar via advies en instemming zijn op het vlak van de bijzondere beschermingsregimes voor natuur gedeputeerde staten van de provincie, soms de Minister van LNV, het bestuursorgaan dat inhoudelijk oordeelt over de natuuraspecten. En zij zijn dan ook naast de gemeente bevoegd tot handhaving voor het natuurdeel van de vergunning.
Als een omgevingsvergunning voor natuur separaat wordt aangevraagd, dan beslist gedeputeerde staten van de provincie zelf. Dat geldt voor een afzonderlijk aangevraagde omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit, een flora- en fauna-activiteit of een combinatie van die twee omgevingsvergunningen.
Let op: het is echter niet mogelijk dat met een enkel beroep op andere doelstellingen van de Omgevingswet kan worden afgeweken van deze specifieke natuurbeschermingsregels, bij het verlenen van een omgevingsvergunning – die veelal direct zijn ontleend aan de Vogelrichtlijn en Habitatrichtlijn – tenzij deze specifieke regels daarvoor zelf ruimte bieden.
Zie verder uitgebreid de publicatie van H. Faber, Werken met de omgevingsvergunning, Berghauser Pont Publishing 2020.
