Blogreeks Soortenbescherming - deel 1: De omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit

Maar hoe werkt het soortenbeschermingsrecht precies? Wanneer is een vergunning verplicht? En hoe kun je voorkomen dat een vergunning nodig is voor een woningbouwproject? Moet je altijd bang zijn om de nieuwe zorgplicht te overtreden? En hoe werkt het soortenbeschermingsrecht door in ruimtelijke besluiten, zoals een omgevingsplan of een omgevingsvergunning voor een buitenplanse omgevingsplanactiviteit (BOPA)? In deze serie beantwoorden we deze vragen (en meer!) en zetten we kort de basics van het soortenbeschermingsrecht in het kader van ruimtelijke ontwikkelingen (dus bijvoorbeeld die woningbouwlocaties) op een rij. In dit eerste deel: de omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit mét handig stappenplan. 

Vergunningplicht 
Als beschermde soorten aanwezig zijn op een locatie waar activiteiten plaatsvinden, kan sprake zijn van een flora- en fauna-activiteit. Een flora- en fauna-activiteit wordt in de Omgevingswet gedefinieerd als een activiteit met mogelijke gevolgen voor van nature in het wild levende dieren of planten.[3] Door de brede formulering van flora- en fauna-activiteit is het bij nagenoeg alle activiteiten in de leefomgeving nodig om te controleren of er soorten aanwezig zijn, en welke soorten dat zijn. Het is zelden van tevoren uit te sluiten dat een activiteit onder deze definitie valt. Artikel 5.1, lid 2, onder g, van de Omgevingswet bepaalt vervolgens dat het verboden is zonder omgevingsvergunning een flora- en fauna-activiteit te verrichten voor zover dit is aangewezen in het Besluit activiteiten leefomgeving (“Bal”).

In het Bal zijn verbodsbepalingen opgenomen, waarin bepaalde activiteiten in de leefomgeving worden aangewezen als vergunningplichtig. Deze verbodsbepalingen worden overtreden als sprake is van het opzettelijk[4] vangen, doden of verstoren van beschermde soorten of mogelijk beschadigen of vernielen van nesten of rustplaatsen.[5] Deze handelingen worden ‘schadelijke handelingen’ genoemd. Er wordt hierbij een onderscheid gemaakt tussen vogels[6] (denk bijvoorbeeld aan de spreeuw of de meeuw), strikt beschermde soorten[7] (denk bijvoorbeeld aan vleermuizen of tot voor kort de wolf) en overige soorten die vrij algemeen voorkomen[8] (denk bijvoorbeeld aan de das en veldmuis).

Dit betekent dat een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit nodig is als: 

• sprake is van de aanwezigheid van een beschermde soort (of de vaste rust- en verblijfplaats); en 

• een handeling in strijd is met een verbodsbepaling (het verrichten van een schadelijke handeling).

De vraag of (1) een beschermde soort ter plaatse aanwezig is, of (2) de aanwezigheid van een beschermde soort kan worden uitgesloten en of (3) de activiteit negatieve effecten zal hebben op die beschermde soort, wordt over het algemeen beantwoord aan de hand van een quickscan (ook wel: een verkennend ecologisch onderzoek). Zo’n quickscan bestaat over het algemeen uit een literatuuronderzoek en een of meerdere veldbezoeken door een ecoloog. Het is overigens niet verplicht om altijd een quickscan uit te laten voeren; uit rechtspraak van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State (“Afdeling") volgt dat als er geen concrete aanwijzingen zijn dat ter plaatse beschermde soorten aanwezig zijn, het bevoegd gezag niet kan verlangen dat een quickscan wordt opgesteld.[9] 

Als in de quickscan niet kan worden uitgesloten dat beschermde soorten aanwezig zijn en ook niet kan worden uitgesloten dat de activiteiten niet schadelijk zijn, dan is een natuurwaardenonderzoek (ook wel: een nader ecologisch onderzoek) nodig. Het natuurwaardenonderzoek is gericht op de ecologische functie van het gebied en de directe omgeving voor de in de buurt aanwezige dier- en/of plantensoort. Het natuurwaardenonderzoek borduurt voort op de resultaten uit de quickscan, maar kan ook direct uitgevoerd worden zonder eerst een quickscan uit te voeren. Er moet dan vooraf wel duidelijk zijn naar welke dieren- en/of plantensoorten het natuurwaardenonderzoek nodig is.

Mitigerende maatregelen
Een manier om te voorkomen dat een verbodsbepaling wordt overtreden, is het nemen van mitigerende maatregelen. Met “mitigerende maatregelen” worden preventieve maatregelen bedoelt. Dit zijn maatregelen waarmee de effecten van een activiteit worden voorkomen of beperkt. Hierbij kan gedacht worden aan het uitvoeren van bouwwerkzaamheden buiten de broedperiode van vogels[10] of juist het treffen van maatregelen om de dieren uit het projectgebied te lokken zoals het plaatsen vleermuiskasten[11]. Let op! Alleen als de nadelige effecten van een activiteit geheel kunnen worden voorkomen, geldt op grond van de Omgevingswet geen vergunningplicht. De mitigerende maatregelen moeten dus wel volledig zijn. 

Uitzonderingen
Het verbod om een in het Bal aangewezen flora- en fauna-activiteit zonder omgevingsvergunning te verrichten geldt niet altijd. Onder de Omgevingswet gelden een aantal uitzonderingen op de vergunningplicht, namelijk: [12] 

• Als de activiteit op grond van een andere wet is toegestaan, is een vergunning niet nodig. Maar hier zijn wel voorwaarden aan verbonden: de toestemming op grond van die andere wet moet inhoudelijk wel voldoen aan de beoordelingsregels die zouden gelden bij vergunningverlening voor de flora- en fauna-activiteit. 

• Dit geldt ook als de activiteit of handeling nodig is voor het uitvoeren van een instandhoudingsmaatregel of passende maatregel

• Ook als sprake is van een vergunningsvrij geval is een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit niet vereist.

Leefgebieden van dieren en planten staan steeds vaker onder druk door menselijke activiteiten en externe invloeden. Het behoud van plant- en diersoorten is dan ook een belangrijk aandachtspunt binnen de huidige wetgeving.

Beoordelingsregels
De beoordelingsregels voor het verlenen van een omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit volgen uit de artikelen 8.74j (vogels), 8.74k (strikt beschermde soorten) en artikel 8.74l (overige soorten) van het Besluit kwaliteit leefomgeving (“Bkl”). De beoordelingsregels stellen drie voorwaarden en aan alle drie de voorwaarden moet worden voldaan. Deze voorwaarden houden in dat (1) er geen andere bevredigende oplossing is dan het verrichten van de activiteit;(2) er sprake is van één van de limitatief voor de genoemde gronden voor afwijking van de verboden; en (3) (a) voor vogels: er geen sprake mag zijn van een verslechtering van de staat van instandhouding van de soort en (b) voor strikt beschermde soorten en overige soorten: de activiteit geen afbreuk mag doen aan het streven de populaties van de betrokken soort in hun natuurlijke verspreidingsgebied in een gunstige staat van instandhouding te laten voortbestaan. Hieronder werken wij deze voorwaarden verder uit.

1. Andere bevredigende oplossing
In de eerste plaats mag er geen andere bevredigende oplossing bestaan dan het verrichten van de flora- en fauna-activiteit; dit is dus een alternatieventoets en komt overeen met de alternatievenafweging in het kader van een omgevingsvergunning voor een Natura 2000-activiteit (dus in het kader van gebiedsbescherming). Concreet betekent dit dat nauwkeurig gemotiveerd moet worden dat er geen alternatieve maatregel bestaat waarmee het nagestreefde doel op een bevredigende manier kan worden bereikt. Het gaat hierbij om een analyse van haalbare alternatieven en hierbij moet gekeken worden naar alternatieve locaties of het gedurende een andere periode uitvoeren van werkzaamheden. De beoordeling van de vraag of een alternatief bevredigend is of niet, moet gebaseerd zijn op objectief verifieerbare factoren, zoals wetenschappelijke en technische inzichten. De afweging mag niet uitsluitend rusten op het argument dat de activiteit waarvoor een vergunning is vereist nu eenmaal de goedkoopste optie is, maar de financiële haalbaarheid mag wel een rol spelen.[13] In een recente uitspraak van de voorzieningenrechter in Gelderland, die ging over het afschieten van een wolf, oordeelde de rechter dat het college niet aannemelijk had gemaakt dat er geen alternatieven mogelijk zijn. Een mogelijk alternatief, waarbij gebruik wordt gemaakt van flapperlinten, was nog niet in de praktijk uitgeprobeerd.[14]

2. Afwijkingsgronden
De tweede voorwaarde ziet op de vraag of bij de activiteit in kwestie sprake is van een van afwijkingsgrond. Deze afwijkingsgronden verschillen per beschermde soort.[15] Voor elke soort moet gemotiveerd een belang ten grondslag worden gelegd aan het verlenen van de vergunning. Het gaat hierbij om redenen als de volksgezondheid en openbare orde, het voorkomen van belangrijke schade aan gewassen, vee, bossen, visserij of wateren, ter bescherming van flora en fauna en dwingende redenen van groot openbaar belang. Onder dwingende redenen van groot openbaar belang vallen ook redenen van sociale aard en voor het milieu wezenlijk gunstige effecten.[16] Hiervoor is vereist dat sprake is van (1) een belang dat zwaarder weegt dan de belangen die de habitatrichtlijn beoogt te beschermen; (2) een openbaar belang; en (3) niet slechts een particulier of beperkt belang. Daarnaast moet worden beoordeeld of de belangen zwaarwegend genoeg zijn om te kunnen worden aangemerkt als gerechtvaardigde redenen. Er moet dus bezien worden of het belang van het project op de lange termijn zwaarder weegt dan het behoud van de natuurwaarden.[17]

In het kader van woningbouw en projectontwikkeling kan worden gedacht aan “dwingende redenen van groot openbaar belang". Zo heeft de Afdeling eerder geoordeeld dat hiervan sprake is bij een project dat (regionaal) voorziet in woningbehoefte.[18] Maar dit geldt ook voor een project dat van belang is voor de Nederlandse economie[19] of juist een sportevenement zoals de Grand Prix in Zandvoort[20].

3. Staat van instandhouding
Ten slotte mag er door de flora- en fauna-activiteit geen verslechtering van de staat van instandhouding optreden. Dit komt erop neer dat moet blijken dat de soort op de locatie kan blijven bestaan, ook op de lange termijn, het natuurlijk verspreidingsgebied van die soort niet kleiner wordt of snel kleiner gaat worden en het leefgebied groot genoeg is en zal blijven bestaan (of op een alternatieve plek wordt ingericht). Cumulatieve effecten moeten hierbij worden betrokken.[21]

Vergunningvoorschriften
Als aan alle voorwaarden voor vergunningverlening is voldaan – en dat is dus niet een makkelijke toets – komt de vraag op of aan de vergunning ook nog voorwaarden kunnen en moeten worden verbonden. En dit kan zeker, maar de voorschriften moeten altijd gericht zijn op de belangen die worden genoemd in de beoordelingsregels die van toepassing zijn.[22] Het zal hierbij over het algemeen gaan over voorschriften die zien op de uitvoering van de mitigerende en/of compenserende maatregelen die uit de uitgevoerde onderzoeken zijn gebleken. Dit betekent dat als het bevoegd gezag besluit om voorwaarden aan de omgevingsvergunning voor een flora- en fauna-activiteit te verbinden, dit wel goed moet kunnen worden onderbouwd. Onder omstandigheden is het bevoegd gezag ook verplicht om voorschriften aan de vergunning te verbinden, namelijk als sprake is van een flora- en fauna-activiteit voor vogels en bepaalde handelingen.[23]

Wij helpen u graag verder
Mocht u vragen hebben naar aanleiding van deze blog, dan kunt u contact opnemen met Dominique de Haas of Thirza Jonkers.

[1] Zie bijv. Rb Gelderland 2 oktober 2025, ECLI:NL:RBGEL:2025:8229; Rb Midden-Nederland 23 juli 2025, ECLI:NL:RBMNE:2025:4030; Rb. Gelderland 17 juli 2025, ECLI:NL:RBGELD:2025:5708; Rb Gelderland 16 mei 2025, ECLI:NL:RBGEL:2025:3843; Rb Gelderland 11 februari 2025, ECLI:NL:RBGEL:2025:114. 
[2] Zie bijv. Rb Midden-Nederland 12 september 2025, ECLI:NL:RBMNE:2025:4883. 
[3] Bijlage bij de Omgevingswet. 
[4] Bij deze vorm van ‘voorwaardelijk opzet’ gaat het om het welbewust aanvaarden van de kans op het doden of verstoren van beschermde soorten. 
[5] Onder ‘opzet’ als bedoeld in deze artikelen wordt ook voorwaardelijk opzet verstaan (ECLI:EU:C:2002:60). Van voorwaardelijk opzet is sprake als welbewust de kans wordt aanvaard dat een overtreding van een verbodsbepaling intreedt. 
[6] Zie paragraaf 11.2.2 van het Bal. 
[7] Zie paragraaf 11.2.3 van het Bal. 
[8] Zie paragraaf 11.2.4 van het Bal. 
[9] ABRvS 13 maart 2019, ECLI:NL:RVS:2019:815. 
[10] Zie bijvoorbeeld ABRvS 21 april 2021, ECLI:NL:RVS:2021:853.
[11] Zie bijvoorbeeld ABRvS 18 december 2024, ECLI:NL:RVS:2024:5224 in het kader van een bestemmingsplanprocedure. 
[12] Artikel 11.37, lid 2, onder a, van het Bal; artikel 11.46, lid 2, onder a, van het Bal; artikel 11.54, lid 2, onder b, van het Bal.
[13] ABRvS 5 juli 2023, ECLI:NL:RVS:2023:2587. 
[14] ABRvS 2 oktober 2025, ECLI:NL:RBGEL:2025:8229. 
[15] Voor overige soorten gelden extra belangen zoals “de ruimtelijke inrichting of ontwikkeling van gebieden, daaronder begrepen het daaropvolgende gebruik van het ingerichte of ontwikkelde gebied”. zie artikel art. 8.74l, lid 1, onderdeel b, onder 6, van het Bkl e.v.
[16] Zie artikel 16, lid 1, onder c, van de Habitatrichtlijn. 
[17] ABRvS 2 april 2021, ECLI:NL:RVS:2021:853.
[18] Rb. Gelderland 17 juni 2021, ECLI:NL:RBGEL:2021:3065; Rb. Noord-Holland 16 juli 2018, ECLI:NL:RBNHO:2018:6018; ABRvS 21 januari 2009, ECLI:NL:RVS:2009:BH0446; ABRvS 21 september 2006, ECLI:NL:RVS:2006:AZ6679; ABRvS 13 mei 2009, ECLI:NL:RVS:2009:BI3701.
[19] ABRvS 8 augustus 2012, ECLI:NL:RVS:2012:BX3968; ABRvS 26 januari 2005, ECLI:NL:RVS:2005:AS3915; ABRvS 29 december 2004, ECLI:NL:RVS:2004:AR8370.
[20] Rb. Noord-Holland 12 augustus 2021, ECLI:NL:RBNHO:2021:6790; ABRvS 5 juli 2023, ECLI:NL:RVS:2023:2588.
[21] ABRvS 29 april 2020, ECLI:NL:RVS:2020:1160.
[22] Artikel 5.34 van de Omgevingswet. 
[23] Zie artikel 8.74o van het Bkl.