Aan positieve weigering natuurvergunning kan voor de uitvoering van nieuwe stikstofactiviteiten geen referentiesituatie worden ontleend

In casu was in geschil of het college van burgemeester en wethouders (“college”) bij de in 2020 verleende natuurvergunning voor het wijzigen van een bestaande veehouderij de in 2010 afgegeven ‘positieve weigering’ (van een op dat moment aangevraagde natuurvergunning voor het veranderen van de in 2007 vergunde bedrijfsvoering) als referentiesituatie mocht gebruiken. De Afdeling overweegt dat zij in de uitspraak van 18 december 2024 (ECLI:NL:RVS:2024:4923) haar rechtspraak over intern salderen heeft gewijzigd. Uit die uitspraak blijkt dat de vraag wat de referentiesituatie is bij het verlenen van een natuurvergunning op twee momenten van belang is, namelijk: (1) bij de voortoets, ter beantwoording van de vraag of de aanvraag betrekking heeft op de voortzetting van één-en-hetzelfde project, en (2) bij de beantwoording van de vraag of de gevolgen van toegelaten activiteiten als mitigerende maatregel in een passende beoordeling mogen worden betrokken. Ad 1. Naar het oordeel van de Afdeling kan aan de positieve weigering geen referentiesituatie worden ontleend ten opzichte waarvan kan worden bezien of sprake is van voortzetting van één-en-hetzelfde project. Een positieve weigering houdt namelijk in dat een bepaalde aangevraagde activiteit naar de stand van het dan geldende recht - in dit geval de Natuurbeschermingswet 1998 - op dat moment niet vergunningplichtig is. Omdat een dergelijk besluit de rechtspositie van de aanvrager niet wijzigt, dient de vraag of sprake is van één-en-hetzelfde project in dit geval te worden bepaald aan de hand van de in 2007 verleende natuurtoestemming (en niet op basis van de positieve weigering uit 2010). Ad 2. Wat betreft de vraag van welke eerder toegestane activiteiten de gevolgen kunnen worden ingezet als mitigerende maatregel in een passende beoordeling, overweegt de Afdeling dat de referentiesituatie voor vergunningplichtige activiteiten kan worden ontleend aan de natuurvergunning voor het toegestane project op de locatie waar de beoogde activiteit is voorzien of - bij het ontbreken van een natuurvergunning - aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum (het moment waarop art. 6 Habitatrichtlijn van toepassing werd op het betrokken Natura 2000-gebied). Wanneer daarna een milieutoestemming is verleend voor een activiteit met minder gevolgen voor Natura 2000-gebieden dan de op de referentiedatum toegestane activiteit, wordt de referentiesituatie ontleend aan die latere toestemming. Omdat een positieve weigering geen natuurtoestemming is, kan hieraan ook geen referentiesituatie worden ontleend. De Afdeling concludeert dat in dit geval de gevolgen van de in 2010 aangevraagde activiteiten niet als mitigerende maatregel mogen worden betrokken in een passende beoordeling.