Het college van gedeputeerde staten van Limburg (college) verleende op 16 juli 2020 een natuurvergunning aan een pluimvee- en varkenshouderij met mestverwerking voor een gewijzigde exploitatie, waarbij het aantal legkippen werd verminderd en herverdeeld over twee stallen en een chemisch luchtwassysteem met hoger rendement werd gerealiseerd. De vergunning werd verleend omdat de stikstofdepositie zou afnemen ten opzichte van de situatie zoals eerder vergund.

Stichting Gezond Leefmilieu Venray (Stichting) en anderen kwamen tegen deze vergunning op en voerden aan dat de referentiesituatie niet volledig gerealiseerd was, het rendement van de luchtwasser onzeker was en niet alle bronnen (zoals mestbassins) waren meegenomen.
De rechtbank had het door de Stichting en anderen ingestelde beroep gegrond verklaard, het besluit vernietigd en zelf voorziend de aanvraag afgewezen. De reden daarvan was dat volgens de rechtbank geen vergunning nodig was, omdat sprake was van intern salderen.
Sinds de 18 december-uitspraak (ECLI:NL:RVS:2024:4923) kan niet meer in de voortoets intern gesaldeerd worden. Hierdoor is intern salderen sinds 18 december 2024 vergunningplichtig; er mag intern gesaldeerd worden als mitigerende maatregel in de passende beoordeling ten behoeve van een natuurvergunning. De rechtbank had dit – logischerwijs – onjuist toegepast in haar uitspraak van vóór 18 december 2024.
Het college voerde in hoger beroep aan dat sprake was van één-en-hetzelfde project en dat daarom geen vergunning nodig was. De Afdeling gaat hierin niet mee. Zij verwijst naar het arrest van het Hof van Justitie van de Europese Unie (hierna: Hof) van 7 november 2018, ECLI:EU:C:2018:882 (PAS). Het Hof heeft in punt 86 van het arrest overwogen dat een activiteit kan worden aangemerkt als één-en-hetzelfde project waarvoor geen nieuwe beoordeling nodig is op grond van artikel 6, derde lid, van de Habitatrichtlijn, “mits het daarbij gaat om één enkele verrichting die zich kenmerkt door een gemeenschappelijk doel, continuïteit en volledige overeenstemming, met name wat betreft de plaatsen waar en de voorwaarden waaronder de activiteit wordt uitgevoerd.”
De Afdeling overweegt dat de aangevraagde situatie niet beschouwd kan worden als de voortzetting van één-en-hetzelfde project. De reden daarvan is dat sprake is van een andere verdeling van de kippen over de stallen en de toepassing van een ander luchtwassysteem. Hierdoor is volgens de Afdeling sprake van een wijziging van de exploitatie van het bedrijf die op grond van de eerdere natuurvergunning niet is toegestaan. Door de andere verdeling van de kippen over de stallen en de toepassing van een ander luchtwassysteem, is geen sprake van volledige overeenstemming met het project waarvoor eerder een natuurvergunning is verleend. Dit betekent dat de aanvraag voor de natuurvergunning betrekking heeft op de wijziging van een eerder vergund project en daarmee op een nieuw project.
In de voortoets moeten de gevolgen van het gehele (nieuwe) project op zichzelf worden onderzocht. Als uit die beoordeling volgt dat significante gevolgen niet op voorhand zijn uitgesloten, dan is voor het project een natuurvergunning nodig.
Deze uitspraak toont aan dat er vandaag de dag bijna geen situaties meer zijn, waarvoor geen natuurvergunningplicht is bij stikstofdepositie op Natura 2000-gebied. Immers, ook bij wijzigingen van de bedrijfsvoering waarbij sprake is van minder kippen die worden herverdeeld over de stallen en het realiseren van een betere luchtwassysteem is sprake van een nieuw project.