Onder de Omgevingswet komen de doelstellingen uit de Kaderrichtlijn Water (KRW) aan de orde in het kader van de omgevingsvergunning voor bepaalde wateractiviteiten (vergunningplichtige beperkingengebiedactiviteiten, lozingsactiviteiten, stortingsactiviteiten op zee of wateronttrekkingsactiviteiten).

De beoordelingsregels voor de vergunning voor deze activiteiten zijn neergelegd in het Bkl. De doelstellingen uit artikel 2.1 Waterwet zijn daarbij één op één terug te vinden in art. 8.84, lid 1 Bkl. In dat artikel is bepaald dat een omgevingsvergunning enkel verleend wordt als de activiteit verenigbaar is met de aldaar genoemde belangen. In het tweede lid van art. 8.84 Bkl is daarnaast opgenomen dat bij de beoordeling van de aanvraag rekening wordt gehouden met de waterbeheerprogramma’s, regionale waterprogramma’s, stroomgebiedsbeheerplannen, overstromingsrisicobeheerplannen en het nationale waterprogramma, die betrekking hebben op het betreffende krw-oppervlaktewaterlichaam (een oppervlaktewaterlichaam als bedoeld in de KRW).
Uit vaste jurisprudentie volgt dat art. 6.21 Waterwet een limitatieve opsomming kent van weigeringsgronden. Een eventuele weigering van de aangevraagde watervergunning is alleen mogelijk als de aanvraag niet verenigbaar is met de doelstellingen die worden genoemd in art. 2.1, lid 1 Waterwet.
Een verschil met de Waterwet is dat het vereiste van een goede toestand van het oppervlaktewater respectievelijk een goed ecologisch potentieel en goede chemische toestand van het oppervlaktewater onder de Ow expliciet opgenomen is in art. 8.84, lid 3 Bkl. Het verlenen van de omgevingsvergunning mag er op grond van dat artikel - voor zover hier relevant - in ieder geval niet toe leiden dat a) niet wordt voldaan aan de omgevingswaarden, bedoeld in de artt. 2.10, lid 1 Bkl en 2.11, lid 1 Bkl; b) een goed ecologisch potentieel als bedoeld in art. 2.12, lid 1 Bkl niet wordt bereikt; en c) een minder strenge doelstelling dan de gestelde omgevingswaarden en het goed ecologisch potentieel als bedoeld in art. 2.17, lid 2, onder d Bkl niet wordt bereikt.
De omgevingswaarden uit art. 2.10, lid 1 Bkl en art. 2.11, lid 1 Bkl zien daarbij op het vereiste van een goede chemische en ecologische toestand van het oppervlaktewaterlichaam. Van een goede chemische toestand is sprake als voldaan wordt aan de eisen opgenomen in bijlage III bij het Bkl. Van een goede ecologische toestand is daarnaast sprake als de relevante kwaliteitselementen voldoen aan de definitie van een goede ecologische toestand zoals opgenomen in bijlage V bij de KRW.