De Afdeling boog zich over de vraag of het college van gedeputeerde staten van Noord-Brabant terecht een natuurvergunning had verleend aan een melkveehouderij in Alphen. Door de rechtbank was de natuurvergunning vernietigd.
Sinds enige tijd is bekend dat de emissie uit stallen niet met behulp van de Rav-emissiefactor met de vereiste zekerheid in beeld kan worden gebracht. Namens de melkveehouder werd betoogd dat in dit geval de natuurvergunning toch verleend kon worden omdat het nieuwe en oude stalsysteem vergelijkbaar werkten. Nu het aantal dieren afnam ten opzichte van de referentiesituatie, zou daarmee ook vaststaan dat het verlenen van de vergunning niet zou leiden tot aantasting van de natuurlijke kenmerken van Natura 2000-gebieden.
De Afdeling kon zich niet vinden in het betoog van de melkveehouder en liet de uitspraak van de rechtbank in stand. Het oude en nieuwe stalsysteem zijn verschillende stalsystemen. Weliswaar zijn deze stalsystemen vergelijkbaar wat betreft hun werkingsprincipe, maar dit betekent niet zonder meer dat de mate van onzekerheid over hun emissiereducerende werking en dus de omvang van hun emissiereductie gelijk te stellen is. Daardoor kan de berekende emissie (en depositie) niet met de vereiste zekerheid worden vergeleken met de referentiesituatie.
Overigens overwoog de Afdeling nog dat de natuurvergunning wel als referentiesituatie mocht worden gebruikt, ook al was deze feitelijk niet (geheel) aanwezig. Bij het betrekken van de referentiesituatie in de passende beoordeling geldt niet de voorwaarde dat de vergunde activiteit feitelijk aanwezig is. Relevant is of de gevolgen die zijn toe te rekenen aan de vergunde activiteit aanwezig waren of konden zijn. Dat is het geval als het project alsnog kan worden gerealiseerd en in gebruik kan worden genomen op basis van de natuurvergunning waaraan de referentiesituatie wordt ontleend.
