De milieueffectrapportage (m.e.r.) is een bijzondere motiveringsverplichting voor plannen en projecten aan de hand waarvan milieubelangen zo volledig mogelijk in de besluitvorming worden meegenomen. Hierbij kan gedacht worden aan de mogelijke gevolgen van het project voor flora en fauna, maar ook aan zaken als klimaatverandering, bodemverontreiniging, uitstoot en afval of cultureel erfgoed. Het hangt af van het project of er een beperkte of een uitgebreide m.e.r.-procedure nodig is. Vaste onderdelen zijn het alternatievenonderzoek, de screening van het project, de scoping van het onderzoek en het Milieueffectrapport (MER).

De Commissie voor de m.e.r. is een onafhankelijke adviseur die bij wet is ingesteld om het bevoegd gezag te adviseren over de inhoud en kwaliteit van een MER. Initiatiefnemers van projecten of plannen schrijven zelf een MER of laten dit doen door een adviesbureau. Niet alle projecten hoeven een m.e.r. te doorlopen, enkel als er aanzienlijke gevolgen voor het milieu verwacht worden. Een Milieueffectrapport zorgt er in de regel niet voor dat een project niet doorgaat, maar juist dat het milieuvriendelijker wordt uitgevoerd, bijvoorbeeld met mitigerende maatregelen.